Amandine Velt.
Menu

Amandine Velt

Articles scientifiques

Des recherches collectives autour de la génomique, de la bioinformatique et de l’analyse de données.

Illustration numérique d’une femme en hoodie bleu analysant des données de séquençage de vigne sur un grand écran futuriste, avec visualisations ADN et données biologiques.

Mon engagement scientifique

Je partage ici des publications scientifiques issues de projets collectifs auxquels j’ai participé en tant qu’ingénieure en calcul scientifique à INRAE (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement).

En parallèle de mon activité de freelance, la majeure partie de mon temps est consacrée à la recherche. Depuis 2016, je suis ingénieure en calcul scientifique à INRAE.
Mon travail porte principalement sur l’analyse de données de séquençage de la vigne et sur le développement d’outils (bio)informatiques adaptés à ces jeux de données complexes.

J’exploite et développe des solutions sur clusters de calcul haute performance, en utilisant notamment Python et R, afin d’accompagner les chercheurs dans leurs projets et de contribuer à une production scientifique fiable et reproductible.

Couverture de l’article sur le génome de référence du raisin (PN40024), G3 Genes|Genomes|Genetics, 2023
An improved reference of the grapevine genome reasserts the origin of the PN40024 highly homozygous genotype. G3 Genes|Genomes|Genetics, Volume 13, Issue 5, May 2023
Lire
Couverture de l’article sur le génome de Silene latifolia et son chromosome Y géant, revue Science, 2025
The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome. Science,
6 Feb 2025,
Vol 387, Issue 6734
Lire
Couverture de l’article sur le génome de référence complet de la vigne (Vitis vinifera), Horticulture Research, 2023
The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding. Horticulture Research, Volume 10, Issue 5, May 2023.
Lire
Couverture de l’article sur le gène Rpv2 et la résistance au mildiou chez la vigne, Theoretical and Applied Genetics, 2025
Rpv2 is part of a cluster of NLRs specific to Vitis rotundifolia and confers total resistance to grapevine downy mildew.
Theoretical and Applied Genetics,
Volume 138, article number 177, (2025)
Lire
Couverture de l’article sur l’épissage alternatif dans le développement de la baie de raisin, BMC Plant Biology, 2021
Alternative splicing regulation appears to play a crucial role in grape berry development and is also potentially involved in adaptation responses to the environment.
BMC Plant Biology,
Volume 21, article number 487, (2021)
Lire
Couverture de l’article sur la diversité génétique du virus Grapevine Pinot gris, Phytobiomes Journal, 2020
Datamining, Genetic Diversity Analyses, and Phylogeographic Reconstructions Redefine the Worldwide Evolutionary History of Grapevine Pinot gris virus and Grapevine berry inner necrosis virus. Phytobiomes Journal, Vol. 4, No. 2
2020
Lire
Couverture de l’article sur le génome de la vigne sauvage et la transition vers l’hermaphrodisme, Genome Biology, 2020
The wild grape genome sequence provides insights into the transition from dioecy to hermaphroditism during grape domestication. Genome Biology, Volume 21, article number 223, (2020)
Lire
Couverture de l’article sur le génome du chêne et sa longévité, Nature Plants, 2018
Oak genome reveals facets of long lifespan. Nature Plants volume 4, pages 440–452 (2018).
Lire